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Registro Completo |
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Biblioteca(s): |
Embrapa Florestas; Embrapa Mandioca e Fruticultura. |
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Data corrente: |
26/07/2019 |
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Data da última atualização: |
30/10/2019 |
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Tipo da produção científica: |
Artigo em Periódico Indexado |
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Autoria: |
LIMA, L. P.; AZEVEDO, C. F.; RESENDE, M. D. V. de; SILVA, F. F. e; VIANA, J. M. S.; OLIVEIRA, E. J. de. |
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Afiliação: |
Leísa Pires Lima, UFV; Camila Ferreira Azevedo, UFV; MARCOS DEON VILELA DE RESENDE, CNPF; Fabyano Fonseca e Silva, UFC; José Marcelo Soriano Viana, UFV; EDER JORGE DE OLIVEIRA, CNPMF. |
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Título: |
Triple categorical regression for genomic selection: application to cassava breeding. |
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Ano de publicação: |
2019 |
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Fonte/Imprenta: |
Scientia Agricola, v. 76, n. 5, p. 368-375, Sept./Oct. 2019. |
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DOI: |
10.1590/1678-992X-2017-0369 |
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Idioma: |
Inglês |
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Conteúdo: |
Genome-wide selection (GWS) is currently a technique of great importance in plant breeding, since it improves efficiency of genetic evaluations by increasing genetic gains. The process is based on genomic estimated breeding values (GEBVs) obtained through phenotypic and dense marker genomic information. In this context, GEBVs of N individuals are calculated through appropriate models, which estimate the effect of each marker on phenotypes, allowing the early identification of genetically superior individuals. However, GWS leads to statistical challenges, due to high dimensionality and multicollinearity problems. These challenges require the use of statistical methods to approach the regularization of the estimation process. Therefore, we aimed to propose a method denominated as triple categorical regression (TCR) and compare it with the genomic best linear unbiased predictor (G-BLUP) and Bayesian least absolute shrinkage and selection operator (BLASSO) methods that have been widely applied to GWS. The methods were evaluated in simulated populations considering four different scenarios. Additionally, a modification of the G-BLUP method was proposed based on the TCR-estimated (TCR/G-BLUP) results. All methods were applied to real data of cassava (Manihot esculenta) with to increase efficiency of a current breeding program. The methods were compared through independent validation and efficiency measures, such as prediction accuracy, bias, and recovered genomic heritability. The TCR method was suitable to estimate variance components and heritability, and the TCR/G-BLUP method provided efficient GEBV predictions. Thus, the proposed methods provide new insights for GWS. MenosGenome-wide selection (GWS) is currently a technique of great importance in plant breeding, since it improves efficiency of genetic evaluations by increasing genetic gains. The process is based on genomic estimated breeding values (GEBVs) obtained through phenotypic and dense marker genomic information. In this context, GEBVs of N individuals are calculated through appropriate models, which estimate the effect of each marker on phenotypes, allowing the early identification of genetically superior individuals. However, GWS leads to statistical challenges, due to high dimensionality and multicollinearity problems. These challenges require the use of statistical methods to approach the regularization of the estimation process. Therefore, we aimed to propose a method denominated as triple categorical regression (TCR) and compare it with the genomic best linear unbiased predictor (G-BLUP) and Bayesian least absolute shrinkage and selection operator (BLASSO) methods that have been widely applied to GWS. The methods were evaluated in simulated populations considering four different scenarios. Additionally, a modification of the G-BLUP method was proposed based on the TCR-estimated (TCR/G-BLUP) results. All methods were applied to real data of cassava (Manihot esculenta) with to increase efficiency of a current breeding program. The methods were compared through independent validation and efficiency measures, such as prediction accuracy, bias, and recovered genomic heritability. The... Mostrar Tudo |
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Palavras-Chave: |
BLASSO; G-BLUP; Genética quantitativa; Genomic heritability; Genomic prediction; Herdabilidade genômica; Molecular markers; Predição genômica; Quantitative genetics theory; Ridge. |
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Thesagro: |
Marcador Molecular. |
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Thesaurus Nal: |
Prediction. |
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Categoria do assunto: |
G Melhoramento Genético |
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URL: |
https://ainfo.cnptia.embrapa.br/digital/bitstream/item/199876/1/2019-M.Deon-SA-Triple.pdf
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Marc: |
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520 $aGenome-wide selection (GWS) is currently a technique of great importance in plant breeding, since it improves efficiency of genetic evaluations by increasing genetic gains. The process is based on genomic estimated breeding values (GEBVs) obtained through phenotypic and dense marker genomic information. In this context, GEBVs of N individuals are calculated through appropriate models, which estimate the effect of each marker on phenotypes, allowing the early identification of genetically superior individuals. However, GWS leads to statistical challenges, due to high dimensionality and multicollinearity problems. These challenges require the use of statistical methods to approach the regularization of the estimation process. Therefore, we aimed to propose a method denominated as triple categorical regression (TCR) and compare it with the genomic best linear unbiased predictor (G-BLUP) and Bayesian least absolute shrinkage and selection operator (BLASSO) methods that have been widely applied to GWS. The methods were evaluated in simulated populations considering four different scenarios. Additionally, a modification of the G-BLUP method was proposed based on the TCR-estimated (TCR/G-BLUP) results. All methods were applied to real data of cassava (Manihot esculenta) with to increase efficiency of a current breeding program. The methods were compared through independent validation and efficiency measures, such as prediction accuracy, bias, and recovered genomic heritability. The TCR method was suitable to estimate variance components and heritability, and the TCR/G-BLUP method provided efficient GEBV predictions. Thus, the proposed methods provide new insights for GWS.
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Registro original: |
Embrapa Florestas (CNPF) |
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Biblioteca |
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Origem |
Tipo/Formato |
Classificação |
Cutter |
Registro |
Volume |
Status |
URL |
Voltar
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Registro Completo
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Biblioteca(s): |
Embrapa Amapá; Embrapa Amazônia Oriental. |
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Data corrente: |
09/09/2014 |
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Data da última atualização: |
19/08/2020 |
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Tipo da produção científica: |
Artigo em Anais de Congresso |
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Autoria: |
BRABO, L. S.; PAUMGARTTEN, A. E. A.; YARED, J. A. G.; BRIENZA JUNIOR, S. |
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Afiliação: |
Liliane Souza Brabo, BOLSISTA PIBIC; Arllen Elida Aguiar Paumgartten, BOLSISTA UFRA/CPATU; JORGE ALBERTO GAZEL YARED, CPAF-AP; SILVIO BRIENZA JUNIOR, CPATU. |
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Título: |
Morototó (Didymopanax morototoni Aubl. Decne & Planch) em plantios homogêneos sob diferentes espaçamentos, no oeste do estado do Pará. |
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Ano de publicação: |
2014 |
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Fonte/Imprenta: |
In: SEMINÁRIO DE INICIAÇÃO CIENTÍFICA, 18.; SEMINÁRIO DE PÓS-GRADUAÇÃO DA EMBRAPA AMAZÔNIA ORIENTAL, 2., 2014, Belém, PA. Anais. Belém, PA: Embrapa Amazônia Oriental, 2014. |
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Descrição Física: |
1 CD-ROM. |
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Idioma: |
Português |
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Conteúdo: |
O espaçamento adotado em um plantio florestal exerce grande influência no número de tratos culturais, na taxa de crescimento, índice de mortalidade e custos de produção. Objetivou-se avaliar a influência do espaçamento no crescimento de morototó (Didymopanax morototoni Aubl. Decne & Planch). O delineamento experimental adotado foi o de blocos ao acaso com quatro tratamentos (espaçamento 3 m x 2 m; 3 m x 3 m; 3 m x 4 m e 4 m x 4 m) e quatro repetições (A, B, C e D). As características avaliadas foram: sobrevivência (%) e variáveis dendrométricas altura (m) e DAP (cm). Aos dez anos de idade os diferentes arranjos espaciais não influenciaram a sobrevivência dos indivíduos de morototó. As taxas de sobrevivência variaram de 85,6 % a 60,6 %. O espaçamento teve pouca influência no crescimento em altura das árvores avaliadas. Contudo, o DAP desde o terceiro ano se mostrou sensível à diferença de densidade do povoamento e detectou-se uma tendência no crescimento diamétrico à medida que diminuía a densidade de plantas. |
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Palavras-Chave: |
Densidade populacional. |
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Thesagro: |
Dendrometria; Reflorestamento. |
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Categoria do assunto: |
--
K Ciência Florestal e Produtos de Origem Vegetal |
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URL: |
https://ainfo.cnptia.embrapa.br/digital/bitstream/item/108019/1/Pibic50.pdf
https://ainfo.cnptia.embrapa.br/digital/bitstream/doc/1124479/1/Pibic50.pdf
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Marc: |
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245 $aMorototó (Didymopanax morototoni Aubl. Decne & Planch) em plantios homogêneos sob diferentes espaçamentos, no oeste do estado do Pará.$h[electronic resource]
260 $aIn: SEMINÁRIO DE INICIAÇÃO CIENTÍFICA, 18.; SEMINÁRIO DE PÓS-GRADUAÇÃO DA EMBRAPA AMAZÔNIA ORIENTAL, 2., 2014, Belém, PA. Anais. Belém, PA: Embrapa Amazônia Oriental$c2014
300 $c1 CD-ROM.
520 $aO espaçamento adotado em um plantio florestal exerce grande influência no número de tratos culturais, na taxa de crescimento, índice de mortalidade e custos de produção. Objetivou-se avaliar a influência do espaçamento no crescimento de morototó (Didymopanax morototoni Aubl. Decne & Planch). O delineamento experimental adotado foi o de blocos ao acaso com quatro tratamentos (espaçamento 3 m x 2 m; 3 m x 3 m; 3 m x 4 m e 4 m x 4 m) e quatro repetições (A, B, C e D). As características avaliadas foram: sobrevivência (%) e variáveis dendrométricas altura (m) e DAP (cm). Aos dez anos de idade os diferentes arranjos espaciais não influenciaram a sobrevivência dos indivíduos de morototó. As taxas de sobrevivência variaram de 85,6 % a 60,6 %. O espaçamento teve pouca influência no crescimento em altura das árvores avaliadas. Contudo, o DAP desde o terceiro ano se mostrou sensível à diferença de densidade do povoamento e detectou-se uma tendência no crescimento diamétrico à medida que diminuía a densidade de plantas.
650 $aDendrometria
650 $aReflorestamento
653 $aDensidade populacional
700 1 $aPAUMGARTTEN, A. E. A.
700 1 $aYARED, J. A. G.
700 1 $aBRIENZA JUNIOR, S.
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Registro original: |
Embrapa Amazônia Oriental (CPATU) |
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